Kopš Latvijas valstiskās neatkarības atjaunošanas vēstures pētniecība ir piedzīvojusi pozitīvas pārmaiņas: tā ir atbrīvojusies no padomju okupācijas režīma ideoloģijas dogmām, ir pievērsusies vairāku jaunu, padomju režīma laikā nepētītu vai ideoloģizētu problēmu izpētei, lielā mērā pārvarējusi izolāciju un atjaunojusi sakarus ar Rietumu pētniecības centriem un nodibinājusi konstruktīvu sadarbību ar ārvalstu vēsturniekiem.
Politiskā aktualitāte un sabiedrības pieprasījums līdz šim un joprojām uzmanības centrā izvirza 20. gadsimta vēsturi, kas nodrošina lielāku finanšu un cilvēkresursu pieplūdumu šī perioda pētniecībai. Sabiedrības ievērību ir izpelnījušies arī arheologu pētījumi. Savukārt speciālistu un līdz ar to arī publikāciju par 13.–19. gadsimta vēstures tematiku ir salīdzinoši maz. Tomēr jāatzīst, ka situācija būtiski nemainīsies, ja nepieaugs kopējais zinātnes finansējums un iespējas kvalificētiem vēsturniekiem nodoties akadēmiskiem pētījumiem. Nepietiekamais finansējums apdraud arī normālu paaudžu maiņu. Nepieciešams nodrošināt valsts līdzfinansējumu, kas ir obligāts priekšnoteikums, lai varētu piesaistīt Eiropas Savienības un citu finanšu avotu resursus.
Latvijas vēstures pētniecība veicina nacionālās identitātes apzināšanos un veido tās vērtības, uz kurām balstās Latvijas valstiskums, taču mūsu pienākums ir piedalīties arī Eiropas kopīgās vēstures apziņas veidošanā. Kaut arī Latvija kopš 2004. gada ietilpst Eiropas Savienībā,humanitārajā jomā Latvijas valsts zinātnes politikas līmenī Eiropas dimensija pagaidām ir palikusi bez atbalsta. Tādēļ, nosakot prioritātes valsts atbalstītajiem pētījumiem humanitārajās zinātnēs nākamajā ciklā pēc 2013. gada, nepieciešams līdztekus Latvijas vēsturei iekļaut to vidū vispārējās (Eiropas un pasaules) vēstures tēmas. Šīs tematikas aktualizācija varētu sekmēt Latvijas vēsturnieku iesaistīšanos kopīgos pētnieciskos projektos ar ārzemju kolēģiem. Bez ciešākas sasaistes ar citu valstu zinātniski pētnieciskajām institūcijām turpmākā vēstures zinātnes attīstība Latvijā ir grūti iedomājama.
Līdz šim Latvijas historiogrāfijā lielāka nozīme bijusi pētījumiem par valstisko struktūru un to realizētās politikas vēsturi, tāpēc, lai pilnīgāk rekonstruētu pagātni un panāktu līdzsvarotību starp dažādiem tās aspektiem, jāveicina sociālās, saimniecības, reģionu, kultūras un ideju vēstures izpēte. Akadēmiskās vēstures pētniecības saikne ar mikrovēstures un reģionu vēstures pētniecību nav pietiekami cieša, kā arī mikrovēstures un reģionu vēstures pētījumu akadēmiskais līmenis nav pietiekami augsts. To nepieciešams uzlabot, paaugstinot dažāda veida lokālo un reģionālo vēstures publikāciju, interneta mājas lapu un citu informatīvo resursu zinātnisko kvalitāti.
Vēstures kā akadēmiskas disciplīnas kvalitāti ietekmē augsta līmeņa akadēmisku diskusiju nepietiekamība. Kopumā Latvijā līdz šim nav izveidojusies vēsturnieku diskusiju un arī recenziju kultūra, kas veicinātu zinātnes kvalitatīvu attīstību un izglītotu sabiedrību par vēstures problemātiku. Lai piesaistītu sabiedrības uzmanību vēstures problemātikai, jāsekmē vēstures popularizācija gan ar publicistikas palīdzību, gan iesaistoties publiskās diskusijās par vēsturi Latvijas medijos un sabiedriskajā telpā. Par vēsturi jārunā arī izmantojot modernās informācijas tehnoloģijas. Jācenšas izmantot jaunatnes aizrautību šajā jomā, lai radītu jaunus e-produktus, kas orientēti uz plašu, tostarp arī cittautiešu auditoriju. Ir atbalstāma vēstures datu bāzu veidošana.
Nopietna uzmanība jāpievērš vēstures filozofijas un metodoloģijas jautājumiem. Latviešu valoda vēl arvien nav izkopta kā vēstures rakstīšanas valoda. Nav latviskoti daudzi vēstures zinātnes termini. Latviski izdotās vēstures periodikas kopējā akadēmiskā kvalitāte nav sabalansēta, un tai ir šaurs lasītāju loks. Vēstures pētījumi sabiedrībā bieži negūst nepieciešamo rezonansi, jo to literārā forma neuzrunā potenciālos lasītājus. Ir jāveicina nozīmīgāko ārzemju vēsturnieku darbu tulkošana un izdošana latviešu valodā, lai paplašinātu gan latviešu valodas kā vēstures valodas iespējas, gan vēstures studentu teorētiskās un metodoloģiskās zināšanas. Organizējot jauno akadēmisko vēsturnieku izglītošanu, nepieciešams ieguldīt papildus resursus to valodu apgūšanai, kurās ir sarakstīti Latvijas vēstures avoti.
Vēsturnieku darbu apgrūtina Kultūras ministrijas Latvijas Nacionālā arhīva nosacījumi arhīva materiālu izmantošanai. Pētnieki ir spiesti lielu daļu sava darba laika veltīt mehāniskai tekstu pārrakstīšanai, jo arhīva dokumentu kopēšanas vai digitalizācijas cenrāži nav samērojami ar projektu līdzekļu dotācijām un pētnieku atalgojumu. Negatīvi vērtējams arī tas, ka valsts iestāžu funkciju optimizācijas rezultātā vēstures arhīviem praktiski nav iespējams nodarboties ar zinātnisko pētniecību.