Valsts prezidenta militārā padome izveidota saskaņā ar Nacionālās drošības likuma 8. pantu, un tā sniedz atbalstu Valsts prezidentam Latvijas Republikas Satversmē un likumos noteiktās aizsardzības funkcijas īstenošanā un valsts bruņotā spēka augstākā vadoņa pienākumu izpildē.
Pirmā Valsts prezidenta militārās padomes sēde notika 2002. gada 29. maijā Valsts prezidentes (1999–2007) Vairas Vīķes-Freibergas vadībā. Sēdē tika pieņemts padomes nolikums. Savukārt atjaunotais Valsts prezidenta militārās padomes nolikums tika apstiprināts 2010. gada 23. jūlijā Valsts prezidenta (2007–2011) Valda Zatlera vadībā.
Valsts prezidenta militārās padomes sastāvu ar rīkojumu apstiprina Valsts prezidents. No 2002. gada ir bijuši četri rīkojumi par padomes sastāvu. Šobrīd spēkā esošs ir Valsts prezidenta Edgara Rinkēviča 2023. gada 9. oktobra rīkojums Nr. 4, ar kuru Valsts prezidenta militārā padome izveidota šādā sastāvā:
Padomes vadītājs – Valsts prezidents.
Padomes locekļi:
- aizsardzības ministrs;
- Nacionālo bruņoto spēku (turpmāk – NBS) komandieris;
- Aizsardzības ministrijas valsts sekretārs;
- NBS Apvienotā štāba priekšnieks;
- NBS Zemessardzes komandieris;
- Valsts prezidenta padomnieks nacionālās drošības jautājumos, Nacionālās drošības padomes sekretārs;
- Aizsardzības ministrijas Politikas direktors – valsts sekretāra vietnieks;
- NBS Apvienotā štāba priekšnieka vietnieki.