1993. gada 6. jūlijā Latvijas Republikas 5. Saeima pilnībā atjaunoja Latvijas Republikas Satversmi. 1993. gada 7.jūlijā Saeima par Latvijas Valsts prezidentu ievēlēja Gunti Ulmani.

Saskaņā ar Satversmes 45. pantu tika atjaunota arī Valsts prezidenta tiesība apžēlot noziedzniekus, par kuriem tiesas spriedums stājies likumīgā spēkā. Apžēlošanas kārtība Satversmē nebija reglamentēta, tādēļ 1993. gada 17.decembrī Valsts prezidents Guntis Ulmanis apstiprināja Valsts prezidenta kancelejā izstrādāto Nolikumu par apžēlošanas lūgumu izskatīšanas kārtību.

Lai Valsts prezidents varētu īstenot Satversmē noteiktās tiesības izskatīt apžēlošanas lūgumus, Valsts prezidenta kancelejā tika izveidots Apžēlošanas dienests.

1995.gada septembrī Valsts prezidents Guntis Ulmanis ar savu paziņojumu izveidoja Apžēlošanas padomi 10 cilvēku sastāvā ar padomdevēju tiesībām, kuru aicināja piedalīties, izskatot ar nāves sodu notiesāto personu apžēlošanas lūgumus.

1997. gada 4. decembrī 6. Saeima pieņēma likumu, ar kuru izdarīja grozījumus Satversmes 45. pantā, paredzot, ka Valsts prezidenta apžēlošanas tiesību izmantošanas apjomu un kārtību nosaka īpašs likums. Sakarā ar izdarītajiem grozījumiem 1998. gada 16. jūnijā Saeima pieņēma Apžēlošanas likumu, kuru Valsts prezidents izsludināja 1998. gada 7. jūlijā. Pēc Apžēlošanas likuma spēkā stāšanās Valsts prezidents Satversmes 45. pantā noteikto apžēlošanas tiesību īsteno saskaņā ar Apžēlošanas likumu.

Apžēlošanas lietas izskatīšanai Valsts prezidentam sagatavo Apžēlošanas dienests.

Apžēlošanas likumā noteikti šādi apžēlošanas veidi:

1) brīvības atņemšanas soda neizciestās daļas aizstāšana ar citu, vieglāku soda veidu;
2) pilnīga vai daļēja atbrīvošana no pamatsoda izciešanas;
3) pilnīga vai daļēja atbrīvošana no papildsoda izciešanas;
4) sodāmības noņemšana.
 
Ar grozījumiem, kas izdarīti ar 2011.gada 1.decembra likumu, kas stājās spēkā 2012.gada 1.janvārī, no Apžēlošanas likuma izslēgta nāves soda aizstāšana ar mūža ieslodzījumu.

Likums nosaka, ka tiesības lūgt apžēlošanu ir personai, kura:

1) izcieš sodu Latvijas Republikā,
2) notiesāta ārvalsts tiesā un nodota soda izciešanai Latvijas Republikā bez nosacījuma, ka apžēlošana nav piemērojama;
3) notiesāta Latvijas Republikā un nodota soda izciešanai ārvalstī, ja attiecīgā ārvalsts iestāde ir piekritusi atzīt Latvijas Republikā pieņemto lēmumu par personas apžēlošanu;
4) izcietusi sodu Latvijas Republikā.

 
Apžēlošanas lūgumu var iesniegt notiesātās personas aizstāvis; likumīgais pārstāvis; vecāki, bērni, laulātais.

Apžēlošanas lūgums adresējams Valsts prezidentam.

Apžēlošanas likumā ir noteikti termiņi, kādos personai ir tiesības iesniegt apžēlošanas lūgumu pēc sprieduma stāšanās likumīgā spēkā.

Gadījumos, kad persona notiesāta par smaga nozieguma izdarīšanu, apžēlošanas lūgumu var iesniegt, ja faktiski izciesta puse no piespriestā brīvības atņemšanas soda, bet gadījumos, kad persona notiesāta par sevišķi smaga nozieguma izdarīšanu, apžēlošanas lūgumu var iesniegt, ja faktiski ir izciests ne mazāk kā divas trešdaļas no piespriestā brīvības atņemšanas soda, bet, ja piespriests mūža ieslodzījumus, - ne mazāk kā 20 gadi brīvības atņemšanas. Pārējos gadījumos apžēlošanas lūgumu ir tiesības iesniegt pēc sprieduma stāšanās likumīgā spēkā.

Noziedzīgu nodarījumu klasifikācija noteikta Krimināllikuma 7. pantā.

Smags noziegums ir tīšs nodarījums, par kuru Krimināllikumā paredzēta brīvības atņemšana uz laiku, ilgāku par pieciem gadiem, bet ne ilgāku par desmit gadiem, kā arī nodarījums, kurš izdarīts aiz neuzmanības un par kuru šajā likumā paredzēta brīvības atņemšana uz laiku, ilgāku par desmit gadiem.

Sevišķi smags noziegums ir tīšs nodarījums, par kuru Krimināllikumā paredzēta brīvības atņemšana uz laiku, ilgāku par desmit gadiem, vai mūža ieslodzījums.
 
1999. gada 16. aprīlī Saeima pieņēma likumu Par 1950. gada 4. novembra Eiropas Cilvēktiesību un pamatbrīvību aizsardzības konvencijas 6. protokolu. Protokola 2. pantā noteikts, ka valsts ir tiesīga paredzēt likumdošanā nosacījumu par nāvessodu par noziegumiem, kas pastrādāti kara laikā vai kara draudu apstākļos; šāds sods tiek piemērots vienīgi likumā paredzētajos gadījumos un saskaņā ar tā nosacījumiem.
 
2011.gada 13.oktobrī Saeima pieņēma likumu Par 1950.gada 4.novembra Eiropas Cilvēka tiesību un pamatbrīvību aizsardzības konvencijas 13.protokolu par nāves soda pilnīgu atcelšanu. Likums stājās spēkā vienlaikus ar attiecīgiem grozījumiem Krimināllikumā.

2011.gada 1.decembrī Saeima pieņēma likumu Grozījumi Krimināllikumā, izslēdzot no likuma nāves sodu. Likums stājās spēkā 2012.gada 1.janvārī.

(Atbilstoši agrākajai Krimināllikuma 37. panta redakcijai nāves sodu varēja piespriest vienīgi par slepkavību sevišķi pastiprinošos apstākļos un vienīgi tad, ja noziegums izdarīts kara laikā).

Par apžēlošanas lūguma apmierināšanu vai noraidīšanu Valsts prezidents pieņem lēmumu.

Atkārtotu apžēlošanas lūgumu var iesniegt ne agrāk kā sešus mēnešus pēc tam, kad Valsts prezidents pieņēmis lēmumu par lūguma noraidīšanu.

Gadījumos, kad persona notiesāta par smaga vai sevišķi smaga nozieguma izdarīšanu, atkārtotu apžēlošanas lūgumu var iesniegt ne agrāk kā gadu pēc apžēlošanas lūguma noraidīšanas, ja nav radušies sevišķi apstākļi (smaga slimība, persona ir vienīgais likumīgais aizbildnis vai aizgādnis, vai citi apstākļi).

Valsts prezidenta Gunta Ulmaņa prezidentūras laikā no 1993.gada 7.jūlija līdz 1999.gada 7.jūlijam tika izskatīta 3391 apžēlošanas lieta un apžēloti 219 notiesātie, piemērojot dažādus apžēlošanas veidus. Tajā skaitā tika izskatīti 8 uz nāvi notiesāto personu apžēlošanas lūgumi. Trīs uz nāvi notiesāto personu apžēlošanas lūgumus Valsts prezidents noraidīja un nāves sods tika izpildīts. Pēdējo reizi nāves sods Latvijā tika izpildīts 1996. gada janvārī diviem notiesātajiem, kuru apžēlošanas lūgumus Valsts prezidents bija noraidījis. Piecus uz nāvi notiesātos Valsts prezidents Guntis Ulmanis apžēloja, aizstājot nāves sodu ar mūža ieslodzījumu.

1999.gada 18.jūnijā Saeima par Valsts prezidenti ievēlēja Vairu Vīķi - Freibergu, kura Valsts prezidenta amata pienākumus sāka pildīt 1999. gada 8. jūlijā. Pēc stāšanās amatā Valsts prezidente Vaira Vīķe Freiberga izskatīja 979 notiesāto personu apžēlošanas lūgumus un apžēloja 204 notiesātos (līdz 20.06.2007.).
 
Valsts prezidents Valdis Zatlers savas prezidentūras laikā no 2007.gada 8.jūlija līdz 2011.gada 7.jūlijam izskatīja 1241 apžēlošanas lūgumu, apžēloja 122 notiesātos.
 
2011.gada 8.jūlijā Valsts prezidenta amatā stājās Andris Bērziņš, kurš līdz šim izskatījis 782 apžēlošanas lūgumus, apžēlojis 41 notiesāto (dati uz 21.05.2013.).

Apžēlošanas likumā nav noteikti apžēlošanas lūguma izskatīšanas termiņi.

Valsts prezidenta lēmumu ne vēlāk kā 5 dienu laikā pēc lēmuma pieņemšanas Apžēlošanas dienests nosūta iestādei, kas ir atbildīga par sprieduma izpildi, par to paziņo notiesātajai personai vai apžēlošanas lūguma iesniedzējam.