Līdz ar Latvijas Satversmes atjaunošanu pilnā apjomā un Valsts prezidenta institūcijas izveidošanu, savu darbību izbeidza Valsts aizsardzības padome, kura darbojās Augstākās Padomes laikā un kuru vadīja tās priekšsēdētājs. Radās vajadzība pēc institūcijas, kas valstiskā līmenī varētu koordinēt un saskaņot nacionālās drošības jautājumus, tāpēc 1993.gada otrajā pusē tika sākts darbs, lai izstrādātu nacionālās drošības konceptuālos dokumentus. Ministru kabinets 81.p. ietvaros pieņēma Nacionālās drošības padomes likumu, kas bija spēkā līdz Saeimas pieņemtā likuma "Par valsts aizsardzību" spēkā stāšanās laikam un kurš kļuva par Nacionālās drošības padomes darbības tiesisko pamatu. Savukārt likums "Par valsts aizsardzību" bija spēkā līdz Nacionālās drošības likuma spēkā stāšanās brīdim (12.01.2001.).

Nacionālās drošības padome (turpmāk NDP) savu darbību uzsāka 1993.gada decembrī, 1993.gada 27.decembrī tika apstiprināta NDP nolikuma pirmā redakcija. 1995.gada janvārī NDP pieņēma lēmumu uzdot aizsardzības ministram izveidot NDP sekretariātu, lai organizatoriski nodrošinātu NDP darbību.

 
NDP saskaņo augstāko valsts institūciju un amatpersonu īstenotu vienotu valsts politiku nacionālās drošības jomā un izskata tās pilnveidošanas gaitu un problēmas, izskata likumā noteiktos ar nacionālo drošību saistītos plānus un koncepcijas, citus likumos noteiktus jautājumus.

Pašreiz NDP darbojas saskaņā ar Nacionālās drošības likumu, Valsts drošības iestāžu likumu un citiem Latvijas Republikas likumiem.

 
NDP vada Valsts prezidents, kurš sasauc padomes sēdes. NDP locekļi pēc amata ir Valsts prezidents, Saeimas priekšsēdētājs, Saeimas Nacionālās drošības komisijas priekšsēdētājs, Saeimas Aizsardzības, iekšlietu un korupcijas novēršanas komisijas priekšsēdētājs, Ministru prezidents, aizsardzības ministrs, ārlietu ministrs, iekšlietu ministrs. Padomes sēdēs ir tiesības piedalīties ģenerālprokuroram.

 
Valsts prezidents, NDP priekšsēdētājs NDP lēmumus un sagatavotos priekšlikumus iesniedz Saeimai vai Ministru kabinetam. NDP lēmums ir rekomendējošs un neatbrīvo atbildīgās amatpersonas no atbildības par to pieņemtajiem lēmumiem, izņemot tās priekšlikumus Saeimai par Satversmes aizsardzības biroja direktora iecelšanu amatā un atbrīvošanu no amata.

 
Padomes sēdes ir slēgtas, to diskusijas ir valsts noslēpums. Pieņemot speciālu NDP lēmumu, tās sēdes var noturēt atklāti. Padomes lēmumi tiek pieņemti ar absolūto balsu vairākumu.

 
NDP un tās sekretariāta darbību no 2002.gada nodrošina Valsts prezidenta kanceleja. NDP sekretariāta darbu vada sekretārs, kuru amatā apstiprina NDP pēc Valsts prezidenta ierosinājuma.